La Fundación de la Universidad de Costa Rica para la Investigación nació en el año 1988, como una figura aliada para el desarrollo de programas, proyectos y actividades de vinculación remunerada con el sector externo de la Universidad de Costa Rica.

Gracias a la iniciativa de un grupo de investigadores encabezado por el entonces rector universitario, Dr. Fernando Dúran Ayanegui, en agosto de 1988 se realizó la inscripción oficial de la Fundación de la Universidad de Costa Rica para la Investigación bajo las siglas FUNDEVI. La primera Junta Directiva estuvo conformada por el Vicerrector de Investigación, Dr. Primo Luis Chavarría Córdoba, en el cargo de presidente; Cat. Elizabeth Odio Benito, Vicerrectora de Docencia, en el puesto de secretaría; Licda. Omayra Durán Páez, Vicerrectoría de Docencia, como asesora legal; Dr. Sergio Guevara Fallas, Vicerrector de Acción Social, en el cargo de tesorero. Además, el Poder Ejecutivo y la Municipalidad de Montes de Oca estuvieron representados por Licda. Mireya Hernández Faerrón y Lic. Héctor Hugo Zumbado Salas, respectivamente.

En el año 1991 se firmó el primer Convenio de Cooperación entre la Universidad de Costa Rica y la FundaciónUCR, que se actualiza cada cinco años desde entonces y en el cual se desglosan las pautas para la gestión de fondos destinados a proyectos fundamentales para el desarrollo institucional, académico y nacional. A finales de la década de los 90, el Consejo Universitario aprobó los Lineamientos para la Vinculación Remunerada de la Universidad de Costa Rica con el Sector Externo. Este documento tuvo una reforma en el año 2017 tras la cual pasó a llamarse Reglamento de la Universidad de Costa Rica para la Vinculación Remunerada con el Sector Externo.

En el año 2016, con el fin de aumentar el reconocimiento de la Fundación entre la comunidad universitaria y elevar las posibilidades de enlace de los proyectos de vinculación con el entorno socioeconómico del país, se inscribió la marca FundaciónUCR, que sustituyó el nombre FUNDEVI. Este cambio permitió reforzar la identidad de FundaciónUCR, cuya existencia está arraigada a la labor que cumple como instancia de utilidad para la Universidad de Costa Rica.

Desde su creación, la FundaciónUCR ha gestionado más de 4000 proyectos con un alto nivel de calidad, control y transparencia en todos sus procedimientos. Gracias a su labor como mecanismo de administración financiera, el impacto de los programas, proyectos y actividades de vinculación que se generan a lo interno de la UCR, ha llegado a todas las provincias del territorio costarricense y se ha extendido fuera de nuestras fronteras a países de todos los continentes como Alemania, Mozambique, Turquía, Estados Unidos y Brasil.